Στους μύλους λειτουργούν 3 εργαστήρια στα οποία πραγματοποιείται πλήρης ανάλυση του σιταριού και των προϊόντων μύλων (φυσικοχημικά χαρακτηριστικά και ρεολογικές ιδιότητες).
Ο έλεγχος που αφορά την τεχνολογία είναι συνεχής. Ελέγχονται οι παράμετροι των πρώτων υλών που εισέρχονται, η διαδικασία παραγωγής και η αποστολή. Λειτουργεί επίσης μικρός φούρνος στον οποίο ελέγχεται η ποιότητα των έτοιμων αλευριών.
Ο σκοπός του τμήματος «Καινοτομίες» είναι να ικανοποιήσει σε μέγιστο βαθμό τις απαιτήσεις των πελατών και να προωθήσει νέα προϊόντα στην αγορά. Ως αποτέλεσμα του συνεχούς και αυστηρού ελέγχου, οι πελάτες της ΤΟΠΑΖ ΜΕΛ προμηθεύονται αλεύρι υψηλής ποιότητας.
Με σκοπό την εξασφάλιση της υψηλής ποιότητας και σε εναρμόνιση με τις προδιαγραφές της Ευρωπαϊκής ένωσης το 2006 η ΤΟΠΑΖ ΜΕΛ υιοθέτησε το σύστημα ανάλυσης των κινδύνων και ελέγχου των κρίσιμων σημείων НАССР και προδιαγραφές ποιότητας ISO 9001:2008, ISO 22000:2005 και Kosher.